1.水中无机杂质造成的堵眼
蔬菜大棚中使用滴灌，大部分水的来源是井水。据了解，流沙井的出现率越来越高，有的井在使用一段时间后也会出现流沙的情况。水中砂石含量的增加，无疑会对滴灌的滴孔造成堵塞。而在一些地面水源丰沛的地区，滴灌主要是靠河道水渠内的水，其中也含量许多大小不等无机杂质。这些都是堵眼的罪魁祸首。
预防措施：对于无机杂质较多的水源，预防堵眼就应加强对水的过滤。在水源处安装大型的过滤设备，在每个菜农的大棚中还需安装操作性强的单体过滤系统。例如砂石过滤器、叠片式、筛网式过滤器的组合使用，水质才能达到滴灌水的使用标准。若发现有堵眼情况发生，在将堵塞的滴孔贯通的同时，要把毛管一头打开，提高水压将毛管中的杂质清洗干净。
2.有机杂质造成的堵眼
对于一些被化肥或其他物质污染的较浅的水井或者是河流沟渠，水中的有机杂质是造成堵眼的原因之一。另外如果在使用滴灌的过程中，肥料使用完毕后没有进行足够的清水冲洗，极易造成各种藻类在管道内大量繁殖，这也是堵眼的一个原因。
预防措施：选择隔光质量好的滴灌管道，采取黑膜覆盖的膜下灌溉防治。解决堵眼办法有两个：一是使用酸液进行清洗，可达到消毒、抑制和消灭水中的藻类和微生物的效果。常用高氯酸、硝酸、磷酸、硫酸等，使用时将pH值调到5.5-6.0，处理时必须严格控制使用浓度，避免对作物造成危害。酸液清洗时注意调低系统灌溉压力，以减缓流速，提高酸洗效果，结束后再用清水冲洗。二是使用专门的杀菌灭藻剂冲洗。
3.水与肥料造成的堵眼
使用滴灌冲施肥料的时候如果肥料溶解度不够或者杂质较多，就会造成堵眼。不过菜农还需要注意一个问题，那就是某些蔬菜生产地区使用的地下水中，钙、镁等金属离子含量较高，碳酸盐含量偏高，我们通常所说的水质比较硬，长期使用会在滴灌内管壁生成较多的水垢（碳酸钙等）。也有可能在与化学肥料混合的时候会产生沉淀，从而发生堵眼。
预防措施：对于水质较硬的地区可采用离子交换净水器进行水处理。为了防止肥料产生堵眼的情况，菜农要使用质量好、溶解度高、无残留的水溶性肥料。现在随着水溶肥制造工艺的提高，采用了离子活化技术的水溶肥料中的元素更稳定，能够抑制肥料与水中的金属离子发生反映产生沉淀。
